Под биоценозом се схвата као систем односа између организама који деле заједничку територију. У микробиолошким системима се користи израз "микробиоценоза".
Биоценоза вагине наступа након рођења девојке. По рођењу, вагина је стерилна. После једног дана појављују се различити микроорганизми. У будућности вагинална биоценоза формира углавном лактобацили. Под дејством естрогена, коју је девојка добила од своје мајке, ствара се киселина у вагини. Касније, девојка и жена почињу да развијају своје естрогене, стимулишући постојање киселог окружења вагине. Микроорганизми који уђу у вагину брзо су депресивни од стране лактобацила који живе у најбољим условима за себе.
Еквилибријски систем микроба унутар вагине може се разликовати из различитих разлога:
Да се обнови равнотежа микрофлора користе се вагинални пробиотици и вагинална еубиотика. Ово су формулације које садрже лактобациле. Средства се примењују на вагиналне тампоне или се примењују у облику вагиналних супозиторија.