Немачки овчар је снажна и јака животиња. Међутим, као и све друге врсте паса, овај пастир је подложан разним болестима. Најчешће код ових животиња су поремећаји дигестивног тракта, ока, уха и мишићно-скелетних поремећаја.
Код болесног пса, вуна је тупи, опуштени општи изглед, депресивно стање. Пас стално лежи, не одговара на позив власника.
Ако ваш немачки овчар често има абдоминалну дистанцу, онда би требало да изаберете квалитетну храну за кућне љубимце и не претерујете је. Уз неправилно храњење, присуство црва, неке инфективне болести код пса могу изазвати гастритис. Уз продужено абнормално деловање стомака, рад црева је такође прекинут.
Болести коже код пса могу изазвати бактерије, гљивице и паразити.
Појава свраба у немачком овчару у одсуству болова може бити симптом таквих кожних обољења као што је пиодерма , суберматитис, себоррхеа, фурунцулосис. Понекад се дерматитис може јавити као истоветна болест на позадини лезија унутрашњих органа животиње.
Немачки овчар склони се таквој болести као и атопијска алергија, која се може десити код штенаца у доби од једне године. Пси имају свраб, гребање и чак влажни екцем. Често на позадини овакве алергије штене пате од дијареје.
Млади немачки пастирци понекад трпе пораз хумеруса, уз слабу или чак озбиљну храму. Још један озбиљан проблем немачких пастира - парализа задних ногу, често се дешава код мушкараца старих шест или седам година. Прво, пас не жели да прескочи препреке, тешко јој је ходати по корацима. Када болест напредује, репом се утиче, а затим почињу задњи удови, инконтиненција урина и фецеса. Ако је болест неизлечива, онда је животиња еутанизирана.
Са узрастом, немачки овчар може имати проблема са кардиоваскуларним системом, тако да пси преко седам година ради превенције редовно посећују ветеринара.