Акваријум је потпуно затворен систем, стога је за нормалан развој биљака и рибе неопходно извршити измјену воде у акваријуму. Ова процедура такође ће помоћи у спречавању одређених болести.
Са редовним промјенама воде у њој ће се смањити ниво нитрата. Риба у води ће се мање појавити болести а нови неће имати стрес када се поставе у акваријум.
Током првих два мјесеца нема замјене. Током овог периода, формирање природног станишта и додавање нове воде успорава коначне процесе њеног формирања. Након овог времена, почните да замијените 1/5 укупне запремине воде, са учесталошћу од 1 сваких 10 - 15 дана. Замените воду, такође, проводите чишћење, сакупљајте смеће са земље и очистите стакло. Са редовнијом заменом, једном недељно, промените 15% запремине.
После шест месеци, станиште улази у фазу зрелости и биолошка равнотежа у акваријуму може се прекинути само грубом интервенцијом. Годину дана касније, неопходно је не дозволити старење станишта. У ту сврху, накупљена органска материја се уклања из земљишта, редовно га подрива на два месеца. Укупна маса удаљених отпадака заједно са водом не би требала бити већа од 1/5 укупне запремине.
Пре него што користите да замените воду у акваријуму од славине, морате га оставити два дана. Ово ће уклонити хлор и хлорамин из њега.
Комплетна замена воде врши се само у неколико случајева. Ако су нежељени микроорганизми ушли у акваријум, појавила се гљивична слуз. Ако се појављују браон цветови на површини, потребно је замијенити сву воду у акваријуму. Пошто такви процеси могу довести до смрти лишћа у биљкама и смрти рибе.
Да би се направила замена воде у акваријуму, потребно је припремити резервоар за воду, стругач и пластично црево са сифон . Гумено црево се не препоручује зато што ће отпустити штетне материје у воду. Канта се налази испод нивоа воде у акваријуму, а један крај црева се спушта у акваријум, а други у кофу. Неопходно је стално пратити ток воде, који не би прелазио потребну запремину за замену. У то време очистите земљиште и зидове. После тога додајте потребну количину воде акваријуму, чија температура треба да буде идентична.
Усклађеност са овим условима спречава настанак негативних процеса у акваријуму и очува природно станиште.